GPS時鐘系統對時方式主要有以下幾種：
1、脈沖同步信號(硬對時)：時鐘裝置的同步脈沖以空接點、TTL電平、422電平(差分)、24V/110V/220V有源、電流環方式輸出。
2、時間報文(軟對時)：被對時設備通過串行口讀取同步時鐘每秒一次的串行輸出的時間信息對時。串行口信息包括年、月、日、時、分、秒，也可包含用戶的其它特殊內容，如接收GPS衛星數、告警信號等。
3、IRIG-B：一種應用于靶場的串行時間交換碼。由美國靶場司令部委員會下屬"靶場儀器組"提出的一種時間信息編碼標準，現應用較為廣泛。
4、NTP協議:Network Time Protocol(NTP)是用來使計算機時間同步化的一種協議，它可以使計算機對其服務器或時鐘源(如石英鐘，GPS等等)做同步化，它可以提供高度的時間校正(LAN上與標準間差小于1毫秒，WAN上幾十毫秒)。SNTP協議:SNTP是簡單網絡時間協議(Simple Network Time protocol)的簡稱，它是目前Internet網上實現時間同步的一種重要工程化方法。SNTP協議采用客戶/服務器工作方式，服務器通過接收GPS信號或自帶的原子鐘作為系統的時間基準，客戶機通過定期訪問服務器提供的時間服務獲得準確的時間信息，并調整自己的系統時鐘，達到網絡時間同步的目的。客戶和服務器通訊采用UDP協議，端口為123。
5、DCF77信號(Deutsche,long wave signal,Frankfurt,77.5kHZ)：德國校準訊號(簡稱DCF77)：由Physikalisch-Technische Bundesanstalt(PTB)運營，從法蘭克福的東南部發射。載波頻率為77.5千赫，時間信息編碼采用脈寬調制方式。
以上GPS時鐘系統對時方式介紹。
