兩種新技術鑒定鋅指核酸酶切割脫靶位點的頻率
結合到DNA（橙色）上的鋅指核酸酶（藍色），圖片來自維基共享資源，Thomas Splettstoesser

【towersimper注：本文為譯文，僅用作研究之用，不得用作商業(yè)開發(fā)，轉(zhuǎn)載請標明翻譯者towersimper，原文來自Tia Ghose, The Scientist, "When ZincFingers Miss the Mark", August 7, 2011】

鋅指核酸酶（zincfinger nucleases, ZFNs）被設計為類似于熱跟蹤導彈，地導向以便找到并切割特異性DNA序列。然而，它們偶爾可能會剪錯位點，導致未曾預料到的裂口。2011年8月7日發(fā)表在Nature雜志子刊上的兩篇論文描述了兩種系統(tǒng)性地找到這種脫靶作用（off-target action）的方法，從而能夠有朝一日有助于設計出避免間接傷害的基因治療。

美國斯克利普斯研究所拉由拉市分所（The ScrippsResearch Institute in La Jolla）化學生物學者Carlos Barbas（未參與該項研究）說，“直到現(xiàn)在還沒有一種真正綜合性的方法來定義ZFN的特異性”，“當我們開始利用ZFNs治療病人和修飾基因組時，我們需要知道這些修飾是在哪些序列位點進行的”。

鋅指（zinc fingers, ZFs），是因為它們的結構像只一個指頭伸出的手而得名，結合到不同的三字母核苷酸序列。通過將幾個鋅指出串聯(lián)在一起，再加入一個切割DNA的核酸酶，研究人員們能夠地導向?qū)⒈磺懈畹奶禺愋曰?。這種特異性就為開發(fā)ZFN基因治療提供可能。確實，一家制藥公司Sangamo Biosciences正在人類安全性試驗中測試一種治療HIV的候選藥物，其中該試驗利用一種ZFN修飾HIV用來侵入細胞的T細胞受體CCR-5。

但是它不是一個的系統(tǒng)：有時這種分子可能結合并剪斷一種不同但又幾乎相同的DNA序列，從而潛在性地殺死細胞。

為了系統(tǒng)性地描述這些脫靶切割位點，哈佛大學化學生物學者David Liu和他的同事們利用1000億個DNA片段組成的文庫---一些片段在人類基因組中出現(xiàn)---對兩種ZFN進行測試。大多數(shù)情況下，這些核酸酶切割靶位點，但是它們偶爾也切割其他類似序列---包括一種與癌癥信號傳導途徑相關聯(lián)的基因。

Liu說，“對我們論文的膚淺理解可能導致一個人對ZFNs持悲觀態(tài)度，但是實際上我是樂觀的”。他說，除了證實脫靶裂口所占份額會隨著較低濃度的ZFNs下降外，研究人員們還發(fā)現(xiàn)使用與靶序列結合較差的ZFNs似乎產(chǎn)生更少的意料之外的裂口。這就表明有可能設計出使得這些脫靶效應zui小化的ZFN治療。研究人員們將他們的研究成果發(fā)表在Nature Methods雜志上。

在第二篇發(fā)表在 Nature Biotechnology雜志上的研究論文中，研究人員們給人白血病細胞施加一種切割CCR-5受體的ZFN。他們首先構建結合到DNA裂口末端的帶有標記的病毒顆粒，然后利用這些病毒顆粒轉(zhuǎn)染細胞，來鑒定ZFN切割位點，結果他們發(fā)現(xiàn)ZFN總體上結合到靶CCR-5 DNA序列。但是，它大約2萬分之一的概率切割序列幾乎相同的另一個受體基因，以及甚至更低概率地切割少數(shù)幾個其他的類似序列。但是Sangamo BioSciences公司科技總監(jiān)Phillip Gregory以及這篇研究論文的共同作者Phillip Gregory說，這些結果都是在研究人員們采用一種極度高濃度的ZFN和極易允許ZFN作用的細胞系的條件下進行的，目的是觀察zui糟糕的情形會是什么樣子。他說，即便是在這些條件下，低概率的脫靶切割事件“證明我們的期望：ZFNs蛋白定會是高度特異性的”，而且暗示在臨床中采用更低藥用劑量將幾乎不可能發(fā)生脫靶切割。

Barbas說，這些方法可能有朝一日用于早期藥物開發(fā)以便篩選特異性的候選藥物。他說，人們不清楚這些新ZFN測試的覆蓋面是否剛剛好。比如，采用帶有標記的病毒顆粒的方法可能會遺失一些脫靶切割，因為病毒標記可能并不結合到每個單裂口。再者，Barbas補充道，不同于試管中的DNA，細胞DNA緊密纏繞成染色質(zhì)，因而在試管方法中發(fā)現(xiàn)的很多結合位點可能在活細胞得到保護并且從不會被ZFNs切割。

他說，盡管這些新的測試方法可能成為早期藥物開發(fā)的關鍵性工具，但是一幅完整的ZFN脫靶位點圖僅當花費1000美元獲得一個人的全部基因組序列的情況下才會出現(xiàn)，屆時研究人員們能夠?qū)邮躗FN治療的人們進行測試以便找到每個脫靶裂口。

兩種新技術鑒定鋅指核酸酶切割脫靶位點的頻率