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質(zhì)粒DNA的提取及定性定量分析

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1將含pETBlue-2的單菌落接入3mL LBAmp+液體培養(yǎng)基中,37℃振蕩培養(yǎng)過夜。讓菌蘇醒,增加菌的數(shù)量。 2培養(yǎng)的菌液,6000rpm,離心2min。去上清收集沉淀。收集、濃縮菌體。 3100 uL溶液I充分重懸菌體。這一步僅僅是為了吹散細(xì)胞。 4200uL溶液II,反復(fù)顛倒混勻(切勿旋渦振蕩!),冰上放置,裂解至菌液變清。
利用堿法破碎細(xì)胞和提取質(zhì)粒。

堿法破碎細(xì)胞是因為NaOH可以破壞細(xì)胞膜糖苷鍵,SDS可以破壞膜、變性膜蛋白。

堿法提取主要是利用共價閉合環(huán)狀質(zhì)粒與線性染色質(zhì)在拓?fù)鋵W(xué)上的差異來分離它們,在堿性pH,DNA變性,恢復(fù)中性時,基因組染色體DNA不能準(zhǔn)確復(fù)性,與其它大分子共沉淀,而質(zhì)粒dna卻可以準(zhǔn)確復(fù)性,留在上清中。

這一步之后,細(xì)胞破碎,液體中將不會有沉淀而澄清。 因為細(xì)胞破碎,核基因組也釋放到液體中,如果強(qiáng)烈震蕩,會使核基因組因機(jī)械剪切斷裂為小片斷,在以后的離心中,不能與質(zhì)粒分開,從而污染質(zhì)粒。所以,要輕搖。

5加入150uL溶液III,反復(fù)顛倒混勻,冰浴5分鐘。高鹽(K+)。 這就是DNA復(fù)性。基因組染色體DNA不能準(zhǔn)確復(fù)性,與其它大分子共沉淀,而質(zhì)粒DNA卻可以準(zhǔn)確復(fù)性,留在上清中。 612000rpm,離心10min。小心取出上清。這時上清中有質(zhì)粒、還有雜質(zhì)的蛋白、脂類、糖類、可溶的小分子。 7向上清中加入等體積酚:氯仿:異戊醇(25:24:1),劇烈振蕩混勻,12000 rpm,離心10 min,將上清轉(zhuǎn)移到另一離心管中。異戊醇防止液體在振搖時起泡;酚可以變性蛋白質(zhì)并使其沉降;氯仿可以提取脂類,液體分層。 這里得酚是tris飽和酚,這樣的酚飽和了水,不會抽提水層中的水,以致將DNA一并抽到有機(jī)層。Tris還可以起到調(diào)節(jié)PH稍微偏堿的作用。 這時蛋白質(zhì)沉淀于兩層之間(密度的原因)。 標(biāo)記離心方向,因為沉淀有時看不見,而我們吸取液體是要從沉淀的反方向。 8上清中加入等體積氯仿:異戊醇(24:1) ,劇烈振蕩混勻,12000rpm,離心10 min,將上清轉(zhuǎn)移到另一離心管中。去除酚,因為酚會影響雙酶切酶的活性。 9上清中加入2倍體積無水乙醇劇烈振蕩混勻,室溫放置15 min沉淀DNA。12000rpm,離心10 min,棄上清。脫水,因為液體中含有大量的鹽(溶液III),使DNA和RNA沉淀下來。而液體中委要出去的小分子、剩余的糖和脂。 10沉淀用1mL75%乙醇洗兩次(12000rpm,離心5 min)。 11沉淀充分干燥。用20uL RTE(TE中含有20ug/ml的RNase),溫和振蕩幾秒鐘,-20 oC保存。 RNase可以去除RNA 12電泳檢測純化的質(zhì)粒載體(1 % Agarose)。80V
2uL質(zhì)粒DNA + 1uL 10xloading + 0.5uL SYBR + 2 uL無菌水

結(jié)果用凝膠成像儀分析照相

可以測OD值

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