酶切擴增多態性序列（C1eaved Amplified Polymorphic Sequences，CAPS）是一類以PCR為基礎的共顯性的分子標記，它的基本原理是先用已知位點的DNA序列去設計一套特異性的PCR引物（19~27 bp）。然后應用這些去擴增該位點上的某一DNA片段；接著用一種專一性的限制性內切酶切割所得的擴增帶并進行RFLP分析。

1993年Konieczny和Ausubel首先在擬南芥兩種不同的生態型Columbia和Landsberg之間發展出了18套這樣的CAPS標記。根據TAIR（The Arabidopsis Information Resource）公布的信息。在擬南芥中又有53套新的CAPS標記被鑒定出來。CAPS標記揭示的是特異PCR片段的限制性長度變異的信息，特異引物序列來自基因數據庫、基因組克隆或cDNA克隆以及克隆的RAPD條帶。

CAPS標記是特異引物PCR與限制性酶切相結合而產生的一種DNA標記，它實際上是一些特異引物PCR標記（如SCAR和STS）的一種延伸。當SCAR或STS的特異擴增產物的電泳譜帶不表現多態性時，一種補救辦法就是用限制性內切酶對擴增產物進行酶切，然后再通過瓊脂糖或聚丙烯酰胺凝膠電泳檢測其多態性。用這種方法檢測到的DNA多態性就稱為CAPS標記。它揭示的是特異PCR產物DNA序列內限制性酶切位點變異的信息，也表現為限制性片段長度的多態性。

CAPS標記在實際研究中經常用到。例如，Williamson等（1994）找到了一個與抗線蟲病基因Mi連鎖的顯性RAPD標記REX-1。經克隆測序設計出20堿基特異引物，轉化為SCAR標記。但在所有抗感品系都會擴增出一條同樣大小的帶，無多態性表現。后用限制性內切酶taqⅠ酶切后，抗感品系間表現了多態性，并能區分純合、雜合品系，成為與Mi連鎖的共顯性標記。Caranta等（1999）獲得了辣椒中與抗馬鈴薯Y病毒病和辣椒斑駁病毒病的抗病基因Pvy4緊密連鎖的AFLP標記，將8個標記中zui靠近的1個共顯性AFLP標記轉化成了共顯性的CAPS標記。